Stromatolieten ontstaan doordat onder matten van blauwwieren (Cyanobacteriën) kalkdeeltjes worden aaneengekit tot harde, vaak dungelamineerde kalkkorsten. De primitieve cyanobacteriën hadden nog geen celkern en bevatten verder alleen bladgroenkorrels. Het is een van de oudste levensvormen die bekend is. Er zijn exemplaren bekend uit het midden Proterozoicum (1.8 miljard jaar geleden). In het Proterozoïcum zijn op deze manier enorme hoeveelheden kalksteen gevormd. Tegenwoordig worden stromatolieten nog steeds gevormd op een aantal plekken op Aarde.

 
Voorbeeld van een fossiele stromatoliet